国家功能食品工程技术研究中心与中国科学院营养所、中国科学院微生物研究所、中国疾病预防控制中心营养与食品卫生研究所、浙江大学、华南理工大学、中国农业大学、南京农业大学、北京大学医学部、江苏出入境检验检疫局、江苏省质量技术监督局等单位进行项目合作研究和协同创新，加快科学研究与开发进程。同时，工程中心与光明食品集团、中粮集团、雨润集团、鲁花集团、海通集团等100多家规模以上企业建立了紧密的产学研创新战略联盟合作机制，成立了合作研究机构，科研成果中50%以上实现了产业化；在此基础上，工程中心将进一步深入与这些企业的合作，并扩大企业合作的深度和广度，形成校企合作、协同创新的新局面。
江南大学与合作高校、合作企业充分考虑工程中心的重要性，充分利用现有国家重点实验室等科研平台的基础，集中优势科技资源，重点支持工程中心建设，并充分对合作单位开放，在优化科技资源配置的同时，大幅度提高资源利用率。同时，合作单位之间科技条件、基础数据、科技信息等实现资源共享。
